Op woensdag 28 november 1918 ondertekende Wilhelm II, keizer van het Duitse rijk en koning van Pruisen, zijn verklaring van afstand van de troon en trad daarmee formeel af. Dit gebeurde niet in Berlijn of op het voormalige militaire hoofdkwartier in Spa, België - maar in Amerongen in Nederland, waar Wilhelm asiel had gevonden.
Niet lang daarna kocht de oud-keizer vlakbij een klein kasteel met een ruim park, oranjerie, dienstgebouw en een grote moestuin: Huis Doorn. Hij hertekende het kasteel naar zijn wensen en liet een ander bouwwerk bouwen aan de ingang van het terrein: het poortgebouw met kantoren, bewakers en appartementen. In Haus Doorn, zoals de duitse bevolking het pand noemt, bracht Wilhelm II zijn laatste jaren door vanaf zijn intrek in mei 1920 tot aan zijn dood op 4 juni 1941. De voormalige keizer was er getuige van zowel het uitbreken van de Tweede Wereldoorlog als de bezetting van Nederland door nazi-Duitsland.
De geschiedenis van Huis Doorn begon echter evenmin met de komst van de voormalige keizer als het niet eindigde met zijn dood. Hoewel de geschiedenis van het kasteel in de "Wilhelminiaanse periode" relatief goed gedocumenteerd is in de archieven en dagboeken van Sigurd von Ilsemann, is het veel langer en kijkt het terug op meerdere eeuwen met uitgebreide structurele veranderingen.
Al aan het einde van de 13e eeuw werd het voor het eerst vermeld als behorend tot de Utrechtse kathedraalproost. Behalve de woontoren en de resten van de gracht leek deze waterburcht weinig op het huidige complex. Pas in de 18e eeuw kreeg het gebouw, dat inmiddels in verval was geraakt, zijn huidige vorm.
Toen Wilhelm II het kasteel kocht, was het eigendom van barones Heemstra de Beaufort. Enkele aanpassingen werden door Wilhelm aangebracht, bijvoorbeeld de installatie van een lift voor keizerin Auguste Viktoria, die al ernstig ziek was, of een vestibule bij de hoofdingang. De meest in het oog springende verandering op het terrein was echter de bouw van het poortgebouw, waarin nu de kassa en kantoren zijn ondergebracht. In de tijd van Wilhelm bevonden zich hier het kantoor van de hofmaarschalk, kantoren en gastenverblijven.
Huis Doorn is al heel lang een museum. Al relatief kort na het overlijden van de keizer slenterden bezoekers over het terrein, dat officieel was aangewezen als museum, wat waarschijnlijk ook fiscale redenen had. Na de oorlog werd het huis, eigenlijk eigendom van kroonprins Wilhelm van Pruisen, eigendom van Nederland in een nogal ingewikkeld proces dat zeer controversieel was van de kant van de Hohenzollerns. Alleen het mausoleum waarin de voormalige keizer een jaar na zijn begrafenis in de kleine kapel werd begraven, is nog steeds eigendom van de familie. Het knelpunt in dit proces, dat jaren duurde, was dat de kroonprins vanuit Nederlands oogpunt niet voldeed aan de eisen om een zogenaamde vijandigheidsverklaring af te geven. Dit zou het hoofd van de Hohenzollerns de gelegenheid hebben gegeven om officieel (in ieder geval een deel van) het bezit terug te krijgen. Over de voors en tegens van dit stukje geschiedenis zijn diverse artikelen, rapporten en boeken geschreven.
Het huidige museum herbergt een groot deel van de originele meubels zoals Wilhelm ze ontwierp uit de bezittingen van de voormalige bezittingen in Duitsland. Hierdoor en vanwege de historische betekenis van veel schilderijen, porselein en ander meubilair is een bezoek bijzonder interessant, maar niet alleen voor geïnteresseerden in kunstgeschiedenis.